HEC-EFM의 적용은 강, 습지 또는 댐과 관련된 최대 침수 지역 내의 서식처와 지형-수자원의 상호 작용 분석에 초점을 맞춥니다. 이 영역 내에서 소프트웨어는 다양하고 광범위한 시나리오 관리와 생태학적 관계를 테스트할 수 있습니다. 소프트웨어는 사용자가 생태계의 어떠한 측면(예: 어류, 식생, 저서성 대형 무척추동물)에 관심을 갖고 입력자료를 구축하는 가, 이러한 측면을 어떻게 조사하는 가(예: 단일지점 평가에서, 다 지점 또는 많은 조사 지역에 대해), 그리고 수문학적 조건, 운영조건 또는 복원 시나리오를 어떻게 고려할 것인가(예: 기후 변화, 댐의 방류, 하천개수 등)에 따라서 전적으로 사용자의 결정에 의존합니다.