서식지는 종종 하나 이상의 변수로 구성됩니다. 예를 들어, 4.1.1절에 따르면, Little Minnow는 산란을 위해 얕은 물이 필요합니다(0.91 m 이하). 이는 단일 변수인 수위에 기반한 서식지 적합성의 표현입니다. Little Minnow가 산란을 위해 초당 0.1524m/s 이상의 유속이 필요하고, 이상적으로는  0.304~0.609m/s의 유속을 선호하며, 최대 허용 유속이 0.914m/s 라면, 이 경우 서식지 적합성은 두 변수인 수위와 유속에 기반합니다. 서식지 적합성은 일반적으로 0(전혀 적합하지 않음)에서 1(완벽하게 적합함)까지의 숫자 값으로 표현됩니다.

HEC-EFM에서 "다변량 분석(multivariate analyses)"은 여러 변수의 적합도를 수치적으로 결합하여 하나의 종합적인 적합도 지표를 생성하는 과정입니다. 이 방법은 서식지 매핑(habitat mapping) 및 서식지 면적 산출(tallying habitat) 시 유용하게 활용됩니다. HEC-EFM에서는 다변량분석은 오직 복합 유황 자료(compound flow regimes, 2차원 입력 데이터)에서만 적용됩니다.

EFM 실행 과정에서 다변량 분석은 마지막 단계에서 수행됩니다. 이는 각 유황 자료-생태 조건의 조합(flow regime-relationship parings)별 결과를 계산하는 동안 다변량 분석에 필요한 입력값이 생성되기 때문입니다. 일반적인 EFM 분석은 대부분 각 유황 자료-생태 조건의 조합을 독립적으로 처리하지만, 다변량 분석은 여러 유황 자료-생태 조건의 조합을 함께 고려해야 하므로 다른 분석 방식과 차이가 있습니다.

2차원 자료와 여러 조합을 사용하면 다변량 분석이 복잡해질 수 있습니다. 이 장에서는 다변량 분석의 생성 과정, 관련된 수치 옵션, 분석의 타당성을 검증하는 방법(viable analyses), 그리고 출력 결과에 대해 자세히 설명합니다.