가장 간단한HEC-EFM의 적용방법은 하나의 유황 데이터와 하나의 생태수문 입력 변수를 적용하여 분석하는 것이며, 이는 한가지의 생태계 측면에 미치는 하나의 수문 시나리오의 영향을 모델링할때 사용합니다. 유황 데이터와 생태수문 입력 변수가 증가함에 따라 모델링은 더욱 복잡해집니다. 소수의 종(species)을 위해 많은 대안을 분석하는 HEC-EFM 모델은 더 많은 유황 데이터와 적은 수의 생태수문 입력 변수를 포함하게 됩니다. 반대로, 생태계의 상태를 더 잘 이해하기 위해 수행되는 모델링은 유황 데이터의 수가 적고 생태수문 입력 변수가 더 많은 경향이 있습니다. 공간적 규모가 단일 복원 장소에서 길고 많이 분기되는 복잡한 하천 시스템까지 증가함에 따라 HEC-EFM은 종종 단일의 관리 대안을 위한 다양한 진단 위치를 분석하는 위치 기반 유황 데이터를 갖추기도 합니다. 생태수문 입력 변수가 중복되고 테스트 모델 민감도를 위해 수정됨에 따라서 생태수문 입력 변수가 증가할 수 있습니다. HEC-EFM에는 이러한 애플리케이션 스펙트럼을 지원하는 데 도움이 되는 몇 가지 기능이 있습니다.